主角如月隼人为了成为能够驾驭HUNDRED的武艺者（Slayer），进入海上学园都市舰“Little Garden”就读。然而──对於似乎很了解自己的室友艾米尔‧克劳福德，隼人产生了某种怀念的异样感受。不仅如此，才一入学，学园最强的武艺者“女王”克蕾亚‧哈维便向他提出决斗要求。